PrecisionFDA
Truth Challenge

Engage and improve DNA test results with our community challenges

Explore HG002 comparison results
Use this interactive explorer to filter all results across submission entries and multiple dimensions.
Entry TypeSubtypeSubsetGenotypeF-scoreRecallPrecisionFrac_NATruth TPTruth FNQuery TPQuery FPFP gt% FP ma
23701-23750 / 86044 show all
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m0_e0homalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m1_e0*
93.7500
100.0000
88.2353
97.7212
1501520
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m1_e0het
96.5517
100.0000
93.3333
97.4138
1401410
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m1_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
96.4286
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m1_e0homalt
0.0000
0.0000
99.2754
00010
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e0*
94.4444
100.0000
89.4737
97.8604
1701720
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e0het
96.9697
100.0000
94.1176
97.5362
1601610
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
96.5517
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e0homalt
0.0000
0.0000
99.4083
00010
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e1*
91.8919
94.4444
89.4737
97.9006
1711720
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e1het
96.9697
100.0000
94.1176
97.5818
1601610
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e1hetalt
66.6667
50.0000
100.0000
96.5517
11100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e1homalt
0.0000
0.0000
99.4220
00010
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m0_e0*
66.6667
100.0000
50.0000
98.8235
10110
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m0_e0het
66.6667
100.0000
50.0000
98.5294
10110
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m0_e0hetalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m0_e0homalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m1_e0*
88.8889
100.0000
80.0000
98.5207
40410
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m1_e0het
85.7143
100.0000
75.0000
98.4906
30310
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m1_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.1176
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m1_e0homalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e0*
90.9091
100.0000
83.3333
98.5366
50510
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e0het
85.7143
100.0000
75.0000
98.7578
30310
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.1176
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e0homalt
100.0000
100.0000
100.0000
98.5915
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e1*
90.9091
100.0000
83.3333
98.5507
50510
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e1het
85.7143
100.0000
75.0000
98.7730
30310
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e1hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.1176
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e1homalt
100.0000
100.0000
100.0000
98.5915
10100
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_siren*
93.8073
95.8042
91.8919
95.1823
1376136122
16.6667
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_sirenhet
92.4513
97.4359
87.9518
96.3127
76273102
20.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_sirenhetalt
94.9153
90.3226
100.0000
80.7692
2833000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSmap_sirenhomalt
95.6522
97.0588
94.2857
94.7368
3313320
0.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegdup*
91.8033
96.5517
87.5000
96.9711
5625682
25.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegduphet
90.9091
100.0000
83.3333
97.3897
3703571
14.2857
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegduphetalt
87.5000
77.7778
100.0000
92.8000
72900
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegduphomalt
96.0000
100.0000
92.3077
96.5699
1201211
100.0000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegdupwithalt*
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegdupwithalthet
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegdupwithalthetalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUSsegdupwithalthomalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUStech_badpromoters*
100.0000
100.0000
100.0000
42.8571
40400
ckim-vqsrINDELD16_PLUStech_badpromotershet
100.0000
100.0000
100.0000
0.0000
40400
ckim-vqsrINDELD16_PLUStech_badpromotershetalt
0.0000
0.0000
0.0000
00000
ckim-vqsrINDELD16_PLUStech_badpromotershomalt
0.0000
100.0000
00000
ckim-vqsrINDELD1_5**
99.5124
99.3485
99.6767
61.5493
145789956145843473318
67.2304
ckim-vqsrINDELD1_5*het
99.6940
99.6963
99.6917
60.8657
8730826687313270118
43.7037
ckim-vqsrINDELD1_5*hetalt
96.5103
93.6457
99.5557
62.7258
959465196364343
100.0000
ckim-vqsrINDELD1_5*homalt
99.7969
99.9203
99.6738
62.4858
488873948894160157
98.1250
ckim-vqsrINDELD1_5HG002complexvar*
99.4499
99.1625
99.7391
58.6120
32441274324948569
81.1765