PrecisionFDA
Truth Challenge

Engage and improve DNA test results with our community challenges

Explore HG002 comparison results
Use this interactive explorer to filter all results across submission entries and multiple dimensions.
EntryTypeSubtypeSubsetGenotypeF-score RecallPrecisionFrac_NATruth TPTruth FNQuery TPQuery FPFP gt% FP ma
85751-85800 / 86044 show all
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRlt7_lt51bp_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
89.4737
20200
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_all_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.1176
30300
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_all_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.2529
1501500
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_diTR_11to50hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
95.8333
10100
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_diTR_51to200homalt
100.0000
100.0000
100.0000
95.4082
90900
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_homopolymer_6to10hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
72.2222
50500
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_quadTR_11to50hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
66.6667
50500
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_quadTR_51to200homalt
100.0000
100.0000
100.0000
93.4066
60600
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_triTR_51to200*
100.0000
100.0000
100.0000
98.5714
10100
ckim-vqsrSNPtvlowcmp_SimpleRepeat_triTR_51to200het
100.0000
100.0000
100.0000
98.2456
10100
dgrover-gatkINDEL*decoy*
100.0000
100.0000
100.0000
99.9353
1001000
dgrover-gatkINDEL*decoyhet
100.0000
100.0000
100.0000
99.9433
60600
dgrover-gatkINDEL*decoyhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
99.8390
10100
dgrover-gatkINDEL*decoyhomalt
100.0000
100.0000
100.0000
99.9297
30300
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_AllRepeats_gt200bp_gt95identity_mergedhet
100.0000
100.0000
100.0000
99.4334
1201200
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_AllRepeats_gt200bp_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
96.9388
30300
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRgt6_gt200bp_gt95identity_mergedhet
100.0000
100.0000
100.0000
99.5045
1001000
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRgt6_gt200bp_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
96.5517
30300
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRlt7_gt200bp_gt95identity_merged*
100.0000
100.0000
100.0000
97.8102
30300
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRlt7_gt200bp_gt95identity_mergedhet
100.0000
100.0000
100.0000
98.0000
20200
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRlt7_gt200bp_gt95identity_mergedhomalt
100.0000
100.0000
100.0000
96.1538
10100
dgrover-gatkINDEL*lowcmp_SimpleRepeat_homopolymer_gt10hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
99.8863
1601600
dgrover-gatkINDEL*map_l125_m0_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
95.4733
1101100
dgrover-gatkINDEL*map_l150_m0_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
95.1613
90900
dgrover-gatkINDEL*map_l250_m1_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
97.1154
60600
dgrover-gatkINDEL*map_l250_m2_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
97.6562
60600
dgrover-gatkINDEL*map_l250_m2_e1hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
97.7011
60600
dgrover-gatkINDEL*segdupwithalt*
100.0000
100.0000
100.0000
99.9975
10100
dgrover-gatkINDEL*segdupwithalthet
100.0000
100.0000
100.0000
99.9961
10100
dgrover-gatkINDEL*tech_badpromotershetalt
100.0000
100.0000
100.0000
50.0000
40400
dgrover-gatkINDEL*tech_badpromotershomalt
100.0000
100.0000
100.0000
57.1429
3303300
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l125_m0_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
93.3333
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l150_m1_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.1176
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l150_m2_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
94.7368
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l250_m1_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
88.8889
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e0hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
91.6667
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSmap_l250_m2_e1hetalt
100.0000
100.0000
100.0000
92.3077
10100
ckim-isaacINDELD16_PLUSsegduphomalt
100.0000
100.0000
100.0000
89.3805
1201200
ckim-isaacINDELD1_5decoy*
100.0000
100.0000
100.0000
99.9392
40400
ckim-isaacINDELD1_5decoyhet
100.0000
100.0000
100.0000
99.9618
20200
ckim-isaacINDELD1_5decoyhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
99.6732
10100
ckim-isaacINDELD1_5decoyhomalt
100.0000
100.0000
100.0000
99.9039
10100
ckim-isaacINDELD1_5func_cdshet
100.0000
100.0000
100.0000
42.5676
8508500
ckim-isaacINDELD1_5lowcmp_AllRepeats_gt200bp_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
98.1481
10100
ckim-isaacINDELD1_5lowcmp_AllRepeats_gt200bp_gt95identity_mergedhomalt
100.0000
100.0000
100.0000
98.7805
20200
ckim-isaacINDELD1_5lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRgt6_gt200bp_gt95identity_mergedhetalt
100.0000
100.0000
100.0000
97.9167
10100
ckim-isaacINDELD1_5lowcmp_Human_Full_Genome_TRDB_hg19_150331_TRgt6_gt200bp_gt95identity_mergedhomalt
100.0000
100.0000
100.0000
98.7730
20200
ckim-isaacINDELD1_5segdupwithalt*
100.0000
100.0000
100.0000
99.9921
10100
ckim-isaacINDELD1_5segdupwithalthet
100.0000
100.0000
100.0000
99.9889
10100
ckim-isaacINDELD1_5tech_badpromotershetalt
100.0000
100.0000
100.0000
0.0000
20200